Die Malediven haben in den letzten Jahren und Jahrzehnten diverse ökologische Probleme bekommen. Einige sind hausgemacht, den anderen Problemen sind die Einwohner der Malediven hilflos ausgeliefert. Die globale Erwärmung der Erde wird besonders ein Land wie die Malediven, dass im Schnitt gerade mal 2 Meter über dem Meeresspiegel liegt, besonders betreffen. Nicht nur das ein ansteigen des Meeresspiegels die Malediven bedroht, auch die Temperatur des Meeres bedroht die Malediven. damit ist nicht allein El Nino gemeint. Die Meerestemperatur beeinflusst auch die Entstehung von tropischen Stürmen, von denen die Malediven bisher weitgehend verschont geblieben sind. Jedoch kam es in den letzten Jahren verstärkt zu heftigeren Stürmen und Flutwellen. Ein Anstieg der Wassertemperatur über längere Zeit von mehr als 26 Grad würde Wirbelstürme entstehen lassen, wie es derzeit an den nördlichen und südlichen Wendekreisen der Fall ist. Eine laufende Überflutung der Inseln und somit entstehende Versalzung, würde die Inseln unbewohnbar machen.

Die Malediver haben früher Ihre Häuser in erster Linie aus Palmen gebaut. In den letzten Jahrzehnten wurden jedoch, insbesondere auch für den Bau der Unterkünfte auf den Hotelinseln, Korallen verwendet, die heute als natürliche Hindernisse für Flutwellen fehlen.

Auch die unnatürliche Vermehrung der Dornenkrone, eine Seesternart, die sich von von Korallen ernährt, führte zu starken Schäden an den Korallenriffen. Eine genaue Erklärung für die Vermehrung gibt es nicht, jedoch könnte ein Grund das Absammeln der Nautilusschnecke als Souvenir sein, die ein natürlicher Feind der Dornenkrone ist. 

Die in die Korallen geschlagenen Schneisen auf den Touristeninseln sowie die Ableitung der Abwässer schaden den Korallen. Sand wird durch die Schneisen abgespült und erstickt die Korallen. Lange Zeit wurde auch die Müllentsorgung direkt im Meer vorgenommen. Heute sind alle Inseln angewiesen Ihre Abfälle zunächst zur Müllverbrennung zu bringen. Schwierigkeiten bringen jedoch immer noch Plastik, Batterien u.ä., die nicht richtig entsorgt werden können und meist direkt im Meer landen. einige Reiseveranstalter animieren Ihre Gäste bereits dazu, ihren Müll wieder mitzunehmen, was zumindest ein kleiner Beitrag zu Müllvermeidung ist.